После расформирования "Девятого отдела", бывшей организации по борьбе с преступностью, её экс-руководитель Мотоко Кусанаги формирует новую команду. Коллектив работает как наёмная группа, специализирующаяся на киберпреступлениях. Развитие технологий привело к повсеместному внедрению нейронных имплантов, известных как "наномозги", которые обеспечивают прямой доступ пользователей к сети. Эта технологическая интеграция породила новый вид правонарушений, связанных с манипуляцией сознанием и взломом нейроинтерфейсов.

Задачи, стоящие перед командой, связаны с расследованием инцидентов в цифровой сфере, где традиционные методы сыска неэффективны. Каждый член группы обладает узкой профессиональной экспертизой, необходимой для противодействия современным угрозам. Их работа сосредоточена на противодействии злоумышленникам, использующим уязвимости нейросетевого взаимодействия. Деятельность команды демонстрирует адаптацию классических investigative методов к условиям технологически продвинутого общества.