Япония регулярно подвергается нападениям крупных существ, называемых кайдзю, причиняющих разрушения городам. Для противодействия этой угрозе были созданы Силы обороны, состоящие из обученных бойцов, чьей задачей является нейтрализация монстров и защита населения. Кафка Хибино, 32-летний мужчина, с детства стремился вступить в эти Силы, чтобы участвовать в защите человечества. Однако его планы не осуществились.

Неоднократно провалив вступительные экзамены, Кафка устроился в службу, занимающуюся ликвидацией последствий битв с кайдзю. Работа его команды заключается в очистке разрушенных территорий от обломков и останков поверженных существ, что сопряжено с риском из-за потенциальной токсичности материалов. В ходе одной из таких операций Кафка столкнулся с паразитообразным существом, которое атаковало его и проникло в его организм, что привело к значительным изменениям в его жизни.