В ближайшем будущем, после события, известного как Скайфол, произошла крупная катастрофа. Орбитальная космическая колония разрушилась и врезалась в поверхность планеты, образовав обширный кратер. В этой зоне появились существа, классифицируемые как кайдзю, чье возникновение связывают с развитием генетических мутаций. Точные причины инцидента остаются невыясненными. Появление этих мутантов создало угрозу для человечества.

Аватар по имени Рэй отправился в район катастрофы с целью сбора сохранившихся образцов семян, не подозревая о степени опасности. Внутри кратера он обнаружил девушку по имени Мил, чья природа и происхождение неясны. Столкнувшись с этой загадкой, Рэй принимает решение сопровождать незнакомку, чтобы самостоятельно выяснить причины столкновения колонии с планетой. В процессе этого расследования ему предстоит столкнуться с неожиданными фактами о произошедшем.