Действие происходит в стране, где доминирует стихия огня, в деревне Скрытый Лист. Сюжет начинается с исчезновения нескольких ниндзя, обладающих особыми способностями. Основные подозрения падают на соседнюю страну Огня. Пятый Хокаге Цунаде поручает Какаши задачу по предотвращению возможного военного конфликта и обеспечению безопасности жителей деревни. Наруто тяжело переживает сложившуюся ситуацию, поскольку Какаши был его наставником. В память о нём у Наруто остались два тренировочных колокольчика, которые использовались во время их первого учебного испытания.

Главный герой ставит перед собой цель вернуть своего учителя. Он понимает, что для этого потребуется пройти длинный путь и преодолеть множество препятствий, не рассчитывая на быстрый результат. Наруто осознаёт, что только последовательные действия и личный рост могут помочь в выполнении этой задачи и в конечном счёте заслужить признание других жителей деревни. В своих начинаниях он может рассчитывать на поддержку верных товарищей, готовых прийти на помощь в трудную минуту.