Второй сезон аниме продолжает историю Эрена Йегера, живущего в обществе, укрывшемся за тремя концентрическими стенами от угрозы титанов. После прорыва стены Марии и гибели его матери, Эрен дал клятву уничтожить всех титанов. Он и его приёмная сестра Микаса вступают в Разведывательный корпус, военное подразделение, ведущее борьбу с гигантами за пределами стен. Их обучение и первые миссии направлены на отработку тактики и владения устройством трёхмерного маневрирования, что является ключевым для сражения с титанами.

По мере развития сюжета внимание смещается на раскрытие новых фактов о природе титанов и структуре общества внутри стен. Эрен и его сослуживцы сталкиваются с титанами, обладающими разумом и способными координировать свои действия. Эти открытия ставят под сомнение прежние представления о конфликте и заставляют героев искать ответы о происхождении гигантов и истинной истории их мира. Действие развивается через серию военных операций и расследований, в ходе которых персонажи вынуждены принимать сложные решения, влияющие на их выживание и будущее человечества.