Продолжение повествования сосредоточено на персонаже по имени Кирито. После нападения на секретную исследовательскую базу, где проходило тестирование системы «Алисизация», Кирито и Асуна оказываются вовлечены в расследование инцидента. Данная система является ключевым компонентом для проекта «Underworld», что делает инцидент значимым. В ходе расследования выясняется, что атака была организована группой преступников, целью которых является получение доступа к исходному программному коду системы для его последующего использования.

Осознавая угрозу, Кирито принимает решение объединить различные фракции внутри виртуального мира для защиты Алисы Цуберг, которая представляет собой воплощение целевого программного кода. Успех преступников в её похищении может привести к уничтожению всей среды «Underworld». Несмотря на существующие противоречия между фракциями, они соглашаются на временное сотрудничество для противодействия общей угрозе. Действия Кирито и его союзников направлены на предотвращение реализации планов преступной группировки и защиту Алисы Цуберг от похищения.