На военном корабле «Эгида», принадлежащем японским силам самообороны, происходит инцидент. Обнаружено тело с отсутствующей левой рукой. Это событие указывает на возможное проникновение на борт опасного агента, известного под кодовым именем «Икс». Его присутствие создает угрозу для экипажа и национальной безопасности. При этом сам агент пока не осознает, что его планы могут быть сорваны.

Для расследования дела на корабль прибывает детектив Конан. Он приступает к анализу обстоятельств, чтобы установить личность преступника и предотвратить дальнейшие инциденты. В процессе расследования Конан сталкивается с рядом загадок и противоречий. Его действия направлены на то, чтобы раскрыть связи между произошедшим и скрытыми угрозами, способными повлиять на безопасность государства.