Человечество столкнулось с новой формой жизни, получившей название «Сэйвиджи». Эта угроза представляет опасность для всего вида. Для противодействия ей ученые создали специализированное оружие — «Сотню», эффективное против данных существ. Однако способность управлять этим оружием проявляется не у каждого. В связи с этим были организованы учебные заведения для подготовки молодых людей, где они обучаются обращению с «Сотней» и совершенствуют свои навыки через практические дуэли.

Хаято Кисараги, имеющий опыт защиты людей от Сэйвиджей, поступает в специализированный университет для обучения владению новым оружием. В учебном заведении он встречает девушку, которую ранее спас, и она становится его соседкой по комнате. Одним из первых испытаний для Хаято становится дуэль с президентом студенческого совета, Клэр Харви, считающимся сильнейшим бойцом в университете. Этот поединок становится частью его пути к овладению «Сотней».