После гибели Шигэгигэ и роспуска Синсэнгуми на планете Кагуры, представительницы клана Ято, начинаются масштабные военные действия. Основатель организации «Нараку» Уцуро использует этот конфликт, чтобы разжечь войну между планетами. Его конечной целью является полное уничтожение жизни на Земле и самой планеты.

Остальные планеты объединяются против Земли, стремясь ликвидировать общество защитников Атланты и вернуть себе контроль над ним. Задача по спасению планеты ложится на самурая Гинтоки, Кагуру из клана Ято и ученика Шинпачи. Для противостояния общей угрозе героям потребуется помощь союзников.