Аниме "Боруто: Новое поколение Наруто" является продолжением истории о династии Узумаки. Действие происходит в период, когда Наруто Узумаки, бывший сирота, достиг своей цели и стал Седьмым Хокаге деревни Скрытого Листа. Центральным персонажем выступает его сын, Боруто Узумаки. Мальчик демонстрирует природные способности к техникам ниндзя и выделяется среди сверстников в академии. Унаследовав от отца энергичный характер, Боруто, однако, испытывает недостаток внимания со стороны Наруто, который полностью поглощён обязанностями лидера деревни.

Основной конфликт строится на сложных отношениях Боруто с отцом. Чувствуя пренебрежение, юный ниндзя решает бросить вызов Хокаге. В его окружении появляются новые ключевые персонажи: Сарада Учиха, дочь Саске и Сакуры, сочетающая аналитический склад ума с физической силой, и Мицуки, спокойный и одарённый сын Орочимару. Вместе они становятся учениками Конохамару Сарутоби, и их взаимодействие формирует основу для развития сюжета в новой эпохе.