На Земле появилась новая форма жизни под названием «Сэйвиджи», представляющая угрозу для человечества. Для борьбы с ней ученые создали специальное оружие — «Сотню», эффективное против этих существ. Однако способность управлять данным оружием проявляется не у всех, что привело к созданию учебных заведений. В этих школах молодые люди проходят подготовку, оттачивая навыки владения «Сотней» через практические дуэли.

Хаято Кисараги, давно стремящийся стать мастером этого оружия, поступает в специализированный университет. Там он встречает девушку, которую ранее спас, и она становится его соседкой по комнате. В учебном заведении Хаято вынужден сразиться на дуэли с президентом студенческого совета Клэр Харви, считающимся сильнейшим бойцом. Этот поединок становится для него первым испытанием на пути к поставленной цели.