На военном корабле «Эгида», принадлежащем японским силам самообороны, было обнаружено тело с отсутствующей левой рукой. Это происшествие указывает на возможное проникновение на борт опасного агента, известного под кодовым именем «Икс». Скрытое присутствие шпиона создает угрозу для экипажа судна и национальной безопасности, хотя сам «Икс» еще не осознает, что его планы могут быть сорваны.

Для расследования инцидента привлекают детектива Конана. Он принимает на себя задачу по раскрытию обстоятельств преступления, идентификации виновных и предотвращению дальнейших угроз. В процессе расследования Конан сталкивается с комплексными загадками и скрытыми мотивами, которые могут иметь последствия для безопасности страны.