На военном корабле "Эгида", принадлежащем японским вооруженным силам, было обнаружено тело без левой руки. Это происшествие указывает на возможное присутствие на борту опасного шпиона, известного под кодовым именем "X". Его скрытая деятельность создает угрозу для экипажа судна и национальной безопасности. Сам агент пока не осознает, что его планы могут быть сорваны.

Расследование инцидента поручают детективу Конану. Он приступает к анализу обстоятельств дела, чтобы установить личность преступника и предотвратить новые угрозы. В процессе работы Конан сталкивается с необходимостью разгадывать сложные загадки и противостоять скрытому противнику. Его действия направлены на восстановление безопасности и раскрытие секретов, способных повлиять на дальнейшее развитие событий.