С момента последней встречи избранных детей прошло три года. После совместного противостояния захватчикам их пути разошлись, и контакты между бывшими союзниками стали редкими. Таити Ягами сосредоточился на футбольной карьере, готовясь к важному матчу. Ямато Исида посвящал время музыкальным репетициям со своей группой. Мими Тачикава переехала на постоянное жительство в Соединенные Штаты. Общение между ними свелось к формальным и нерегулярным контактам. Однако в один день происходит серия событий, нарушающих привычный ход их жизни.

В день запланированного футбольного матча Таити и концерта Ямато Мими неожиданно возвращается в Японию. Параллельно с этим из цифрового мира в реальный проникает дигимон, который начинает проявлять деструктивное поведение. Существо атакует Таити, но в критический момент ему на помощь приходит его старый партнёр, Агумон. Выясняется, что ряд дигимонов подвергся воздействию вируса, что привело к их агрессии и угрозе для обоих миров. Избранные дети вновь объединяются, призывая своих не заражённых цифровых партнёров, чтобы противостоять новой опасности.