Юу и Харука — давние подруги, которые всегда проводят время вместе. После поступления в старшую школу их рассаживают за разные парты. Чтобы сохранить привычную близость, девушки предпринимают нестандартный шаг. В их жизни появляется Сакура, девочка, выполняющая обязанности хранительницы времени. Её задача — поддерживать стабильность мира и защищать ход истории от вмешательств. Она противостоит силам, стремящимся изменить прошлое, тем самым обеспечивая безопасность для всех временных периодов и измерений.

Первым поручением Сакуры становится поимка вора Сугинами, объявившегося в эпоху Эдо. Однако противник оказывается подготовлен: с помощью вызванных им волшебниц Немо и Михару ему удаётся скрыться в потоке времени. Несмотря на это, Сакура возвращает похищенное сокровище той эпохи. Дальнейшие действия должна определить организация по сохранению исторических событий, где состоит Сакура. Мотивы вора, выбравшего именно период Эдо, и природа помогающих ему волшебниц пока остаются неясными. Эти события начинают влиять на отношения между Юу и Харукой, ставя под вопрос будущее их длительной дружбы.