После победы над Мьюри Ундзэн студенческий совет во главе с Медаки Куроками восстановил порядок в Академии Хаконива. Однако период спокойствия оказался кратковременным. Медаки, Дзэнкити Хитоёси, Коки Акунэ и Могане Кикаидзиме сталкиваются с новой угрозой, исходящей от директора учебного заведения. Он инициирует «План Флакона», скрытый проект, связанный с методами принуждения и контроля. Деятельность директора приводит к нарушениям привычного уклада жизни в академии.

Основное противостояние разворачивается с группой новых учащихся, известной как «Партия тринадцати». Коллектив, состоящий из подростков со сверхспособностями, возглавляет Удо Мияконодзе. Его лидерские качества и личная сила представляют собой вызов для студенческого совета. Целью группы является захват власти и дестабилизация существующей структуры. Ситуация усложняется с возвращением прежнего противника, который намерен завершить ранее начатый конфликт.