Япония регулярно сталкивается с нападениями крупных существ, называемых кайдзю, причиняющих значительные разрушения городам. Для противодействия этой угрозе были созданы Силы обороны — специализированное военное формирование, задачей которого является устранение кайдзю и защита населения. Кафка Хибино, 32-летний мужчина, с детства стремился присоединиться к этим силам, чтобы участвовать в защите человечества. Однако его планы не осуществились.

Не сумев сдать необходимые вступительные экзамены, Кафка устроился в службу, занимающуюся ликвидацией последствий боёв. Его работа заключается в очистке территорий от разрушений и останков поверженных кайдзю, что сопряжено с риском из-за потенциальной биологической или токсической опасности, исходящей от тел монстров. В ходе одной из таких операций на Кафку напало паразитообразное существо, которое проникло в его организм, что привело к резкому изменению в его жизни.