Капитан Харлок — опытный космический пират, известный немногословным и замкнутым характером. Он является капитаном призрачного корабля и придерживается личной философии, в основе которой лежит справедливость. Харлок направляет свои силы на противостояние тоталитарному режиму, стремясь освободить людей от правительства, использующего население в корыстных целях. Его действия мотивированы не стремлением к славе, а внутренними принципами.

В далеком будущем человечество освоило межзвездные путешествия и начало колонизацию других планет. Однако расширение привело к серьезным проблемам с выживанием, и многие колонисты задумались о возвращении на Землю. К этому времени планета получила статус неприкосновенной территории, и возврат на нее стал невозможен. В этой ситуации появляется капитан Харлок на своем корабле, предлагая помощь тем, кто оказался в безвыходном положении.