Семнадцатилетний Шиничи Кудо обладает аналитическими способностями, которые позволяют ему успешно расследовать преступления. Во время возвращения домой с подругой детства Ран Мори он становится свидетелем незаконной сделки членов криминальной организации. Обнаруженный преступниками, Шиничи получает от них экспериментальный препарат, после приёма которого теряет сознание. Придя в себя, он обнаруживает, что его тело физически уменьшилось до размеров семилетнего ребёнка.

Чтобы скрыться от преследования и сохранить свою жизнь, Шиничи принимает решение изменить личность. Он представляется как Конан Эдогава и селится в доме Ран под предлогом родственных связей. Отец Ран, Когоро Мори, владеет частным детективным агентством. Используя свои сохранившиеся интеллектуальные способности, Конан начинает тайно помогать в расследовании различных дел, одновременно пытаясь найти способ восстановить свой прежний облик и выйти на след организации, которая его преследует.