Аниме «Боруто: Новое поколение Наруто» представляет собой продолжение истории о династии Узумаки, действие которого разворачивается в следующем поколении. Главный герой, Боруто Узумаки, является сыном Седьмого Хокагэ Наруто. Мальчик демонстрирует природные способности к техникам ниндзя и выделяется среди сверстников в академии. Несмотря на внешнее благополучие, Боруто испытывает отчуждение от отца, чьё время полностью поглощено обязанностями правителя Деревни Скрытого Листа. Это противоречие становится центральным конфликтом в его жизни.

Нарастающее непонимание приводит Боруто к открытому противостоянию с Наруто. Параллельно с этим развиваются сюжетные линии его одноклассников. Сарада Учиха, дочь Саске и Сакуры, стремится определить свой путь, сочетая наследие клана Учиха с собственными устремлениями. Мицуки, загадочный ученик с уникальным происхождением, проявляет аналитический склад ума и наблюдает за формированием социальных связей. Их обучением руководит миссионер Конохамару Сарутоби, в чьей команде они начинают выполнять первые миссии, сталкиваясь с вызовами новой эпохи.