Прошло шесть лет после завершения битвы за Британию и освобождения Галлии от инопланетных существ, известных как Нейрои. Ёсика Мияфудзи, бывшая пилот 501-го объединённого истребительного крыла, окончила среднюю школу и вернулась в Фусо. Её спокойная жизнь прерывается, когда она получает письмо с чертежами боевого робота. Считается, что разработкой этого механизма занимался её покойный отец. Конструкция предполагает возможность синхронизации машины с магическими способностями Ёсики.

В это время в Европе формируется новая опасность. Над Венецией возникает крупное гнездо Нейрои, обладающее значительной разрушительной силой. Оно уже поглотило северные территории и создаёт угрозу для Ведьм — магических девушек, защищающих человечество. Ситуация осложняется появлением гуманоидного типа Нейрои, демонстрирующего попытки установить контакт с людьми. Узнав об этой эскалации конфликта, Ёсика Мияфудзи принимает решение вернуться в зону боевых действий, чтобы снова присоединиться к борьбе.