Семнадцатилетний Шиничи Кудо обладает аналитическими способностями, которые позволяют ему успешно раскрывать преступления. Во время возвращения домой с подругой детства Ран Мори он становится свидетелем незаконной сделки членов криминальной организации. Преступники замечают юношу, захватывают его и заставляют принять экспериментальную таблетку. После этого Шиничи теряет сознание, а придя в себя, обнаруживает, что его тело уменьшилось до размеров семилетнего ребенка.

Чтобы скрыться от преследующих его членов организации, Шиничи принимает решение изменить внешность и имя. Под именем Конан Эдогава он селится в доме Ран и её отца, Когоро Мори, который руководит частным детективным агентством. Используя свои сохранившиеся интеллектуальные способности и знания, Конан начинает тайно помогать в расследовании различных дел, одновременно пытаясь найти способ вернуть себе прежнее тело и раскрыть деятельность преступной группы.