После смерти родителей и бабушки Икаруга остаётся один. В наследство он получает старый корабль и подводную лодку. Поскольку ему теперь необходимо самостоятельно заботиться о себе, эти активы становятся его основным имуществом. Вскоре Икаруга встречает девушку, которая также претендует на наследство своей умершей бабушки. В её распоряжении имеется карта с координатами возможного местонахождения сокровища. Они объединяют усилия и отправляются на поиски, используя корабль Икаруги.

По прибытии на указанное место вместо ожидаемых денег или золота они обнаруживают старинный гроб, пролежавший сотни лет. Приняв решение вскрыть его, внутри они находят девушку, внешне напоминающую робота. Она представляется как Атри и сообщает, что не помнит своего прошлого. Икаруга и его спутница начинают помогать андроиду восстановить память. Этот процесс приводит к серии событий, которые вносят изменения в жизнь всех участников.