В аниме "Врата Штейна" группа молодых людей создаёт устройство из микроволновой печи, способное отправлять текстовые сообщения в прошлое. Работая над усовершенствованием механизма для потенциальной телепортации материи, изобретатели привлекают внимание секретной организации SERN. Эта структура проводит собственные исследования в сфере путешествий во времени и параллельных реальностей.

Организация SERN систематически устраняет независимых учёных, работающих в этой области, и конфискует их разработки. Осознав угрозу, главные герои вынуждены скрываться, совершая временные скачки, чтобы защитить себя и своё изобретение от захвата. Их действия направлены на то, чтобы опередить противника и сохранить контроль над созданной технологией.