Семнадцатилетний Шиничи Кудо обладает аналитическими способностями, которые позволяют ему успешно раскрывать преступления. Во время возвращения домой с подругой детства Ран Мори он становится свидетелем незаконной сделки членов криминальной организации. Преступники замечают юношу, захватывают его и заставляют принять экспериментальную таблетку. После этого Шиничи теряет сознание.

Придя в себя, Кудо обнаруживает, что его тело уменьшилось до размеров семилетнего ребенка. Чтобы скрыться от преследования мафиози, он принимает решение изменить свою жизнь. Под именем Конан Эдогава он поселяется в доме Ран и её отца, Когоро Мори, который руководит частным детективным агентством. Используя свои сохранившиеся интеллектуальные способности, Конан начинает тайно помогать в расследовании различных дел, параллельно пытаясь найти способ вернуть себе прежний облик и раскрыть деятельность преступной группы.