Семнадцатилетний Шиничи Кудо, известный среди сверстников как «современный Шерлок», отличается развитыми дедуктивными способностями. Во время возвращения домой с подругой детства Ран Мори он становится случайным свидетелем незаконной деятельности членов преступной группировки. Замеченный преступниками, Шиничи оказывается в их власти; ему насильно дают принять неизвестное вещество в форме таблетки, после чего он теряет сознание.

Придя в себя, Кудо обнаруживает, что его тело физически уменьшилось до размеров семилетнего ребёнка. Чтобы скрыться от преследующих его членов мафии, он принимает решение обратиться к Ран и под вымышленным именем Конан Эдогава селится в её доме. Отец Ран, Когоро Мори, руководит частным детективным агентством, что позволяет Шиничи, используя свои сохранившиеся интеллектуальные навыки, участвовать в расследовании различных дел. Параллельно он ищет способ восстановить свой первоначальный облик и раскрыть природу вещества, вызвавшего трансформацию.