Действие происходит в деревне Эдо периода сегуната Токугава, где на улицах смешались представители различных народов и рас. Часть японского населения смирилась с правлением пришельцев, однако небольшая группа самураев продолжает скрытую борьбу против установившейся власти. Их сопротивление не носит организованного характера, а в рядах борцов за свободу зачастую действуют бандиты, вступившие в союз с инопланетными силами.

Спустя два года после событий первого сезона жизнь в районе Кабуки продолжается. Некоторые персонажи претерпели изменения: молодой ученик Синпати Симура продолжает работу в многофункциональном агентстве «Гин», возглавляемом Гинтоки. За прошедшее время Гинтоки, покрытый шрамами, стал более суровым бойцом. Агентство вновь вовлекается в различные события, происходящие в городе.