Наруто Узумаки является жителем деревни Скрытого Листа. В его тело в детстве был запечатан демон Девятихвостый, что стало причиной его изоляции от большинства жителей. Он обучается в Академии шиноби, где его наставником становится Ирука Умино, один из немногих, кто знает обстоятельства его прошлого и относится к нему с пониманием. В ходе инцидента с похищением секретного свитка Наруто осваивает технику множества теневых клонов, что позволяет ему успешно завершить обучение.

После выпуска из Академии Наруто в составе команды №7 под руководством Какаши Хатаке проходит миссии вместе с Саскэ Учихой и Сакурой Харуно. Целью главного героя является получение звания Хокаге, чтобы заслужить признание деревни. Сюжет развивается через участие команды в экзамене на звание чунина, где участники сталкиваются с реальной опасностью. Дальнейшие события включают противостояние с различными противниками и постепенное раскрытие истории мира шиноби.