Ежегодно совершается значительное количество преступлений, часть из которых остаётся нераскрытой. Действие аниме происходит в Сингапуре, в отеле Marina Bay Sands, где происходит убийство. Расследование может быть связано с пропажей крупного драгоценного камня, известного как «голубой сапфир», который исчез в XIX веке. Этот артефакт обнаруживает мастер боевых искусств Макото Кёгоку, имеющий в своём послужном списке более четырёхсот побед в боях. Однако найденный камень вскоре похищает мелкий вор.

Параллельно в Сингапур прибывают Кайто Кид и детектив Конан. Конану предстоит заняться расследованием убийства в отеле, одновременно решая собственные проблемы. На фоне этого действуют другие заинтересованные стороны, преследующие свои цели. Сюжет строится на расследовании этого дела, в котором переплетаются мотивы, связанные с исторической пропажей сапфира и текущими событиями.