В середине XIX века на территорию Японии прибыли корабли инопланетной расы Аманта с целью захвата планеты. Вооружение самураев и солдат сёгуната оказалось неэффективным против технологий пришельцев, что привело к капитуляции правительства. Политическая группировка Дзёи, ранее участвовавшая в национальном движении, организовала сопротивление новым властям. Участников сопротивления активно преследует полиция Синсэнгуми, действующая по приказу сёгуната.

Гинтоки и его соратники начинают деятельность по освобождению Эдо от контроля Аманты. Параллельно в космосе Тацума, Нобунобу и Катаро объединяются с Шиджаку и принцем Хата для противостояния общему противнику по имени Эншо. К этой борьбе присоединяется Шинскэ со своими подчиненными. Действия персонажей приводят к серии конфликтов и столкновений, в ходе которых им предстоит преодолеть ряд серьёзных препятствий.