Спин-офф аниме «Научный Рейлган» фокусируется на персонаже Акселераторе, одном из семи эсперов пятого уровня в Академии-Сити. После событий основной сюжетной линии, Акселератор восстанавливается, потеряв значительную часть своих способностей в результате спасения девочки по имени «Последний заказ». Его попытке вернуться к обычной жизни мешает новое событие — необходимость помочь незнакомой девушке, которая находится в опасности и обладает фотографией, связанной с клоном Мисаки.

Ситуация осложняется, когда выясняется, что за похищением девушки по имени Эстель Розенталь стоит организация «Дисциплинарное Наказание». Эта группа, считающая эсперов угрозой, использует в качестве оружия тела умерших магов, помещённые в механизированные скафандры. По мере реализации их планов, направленных против Академии-Сити, противостоять им вынужден Акселератор, несмотря на его нежелание принимать на себя роль защитника.