В середине XIX века на территорию Японии прибыли корабли инопланетной расы Аманта с целью захвата планеты. Вооружение самураев и правительственных войск оказалось неэффективным против технологий пришельцев, что привело к капитуляции сёгуната. Политическая группировка Дзёи, ранее участвовавшая в национальном движении, организует сопротивление новому порядку. Её участники подвергаются преследованиям со стороны сил сёгуната и специального полицейского отряда Синсэнгуми.

Гинтоки и его спутники начинают деятельность по освобождению Эдо от власти Аманты. Параллельно в космосе Тацума, Нобунобу и Катаро объединяются с Шиджаку и принцем Хата для противостояния общей угрозе по имени Эншо. К этому союзу присоединяется Шинскэ со своими подчинёнными. Действие развивается через серию конфликтов и испытаний, которые предстоит преодолеть персонажам в ходе противостояния.