В альтернативной версии Японии не произошло прибытия американских ракетоносцев, гражданской войны и реставрации Мэйдзи. Общество постепенно перенимает западные обычаи и систему ценностей. Однако развитие событий принимает иной оборот после прибытия инопланетных существ, которые устанавливают контроль над японскими островами. Пришельцы обращаются с местным населением методами, напоминающими историческое подавление самураев, лишая людей ресурсов и свободы.

В условиях угнетения основная часть населения сосредоточена на выживании. Группа людей продолжает сопротивление, несмотря на очевидное превосходство захватчиков. Центральным персонажем является самурай по имени Гинтоки. Он перемещается по стране в компании двух спутников: юноши Синпати и инопланетянки Кагуры, что составляет основу сюжетной линии.