Чизуру Юкимура, переодевшись в мальчика, отправляется в Киото на поиски пропавшего отца, доктора Куду. В городе она сталкивается с агрессивными ронинами, от которых её спасает загадочный самурай с белыми волосами. Однако вскоре появляются члены специальной полиции сёгуната — Синсенгуми, которые задерживают Чизуру для допроса. В ходе расследования выясняется, что её отец является разыскиваемой фигурой, представляющей интерес для властей.

Начальник полиции разрешает Чизуру остаться под защитой Синсенгуми, пока идут поиски. Она становится помощником заместителя командира Тосидзо Хиджикаты, постепенно вовлекаясь в деятельность подразделения и его секретные операции. В процессе раскрываются более сложные обстоятельства, связанные с политической ситуацией в Киото, а также роль самурая с серебристыми волосами и красными глазами. Чизуру предстоит столкнуться с рядом опасностей и интриг, связанных с исчезновением отца.