Семнадцатилетний Шиничи Кудо, известный среди сверстников как «современный Шерлок», обладает развитыми дедуктивными способностями. После свидания он становится случайным свидетелем незаконной деятельности членов преступной группировки. Замеченный преступниками, подросток оказывается в их власти и вынужден принять неизвестную таблетку, после чего теряет сознание.

Придя в себя, Шиничи обнаруживает, что его тело уменьшилось до размеров семилетнего ребенка. Чтобы скрыться от преследования мафиози, он принимает решение обратиться к своей подруге детства Ран и селится в её доме. Отец Ран владеет частным детективным агентством, что позволяет Кудо, используя сохранившийся интеллект и аналитические навыки, участвовать в расследованиях, одновременно пытаясь найти способ вернуть себе прежний облик.