Ацуко, главная героиня аниме "Академия ведьмочек", получает письмо о зачислении в учебное заведение, где преподают магию. Она переезжает в академию, чтобы начать обучение. Однако на новом месте её встречает холодное отношение со стороны других студентов, которые смотрят на неё свысока из-за её деревенского происхождения. Сокурсники считают, что Ацуко не место в академии, и предпринимают действия, чтобы заставить её уйти.

Несмотря на давление, Ацуко принимает решение остаться и бороться за свою мечту стать волшебницей. Параллельно сюжет раскрывает тайны академии, включая происхождение магического артефакта, известного как большой камень. Также зрителям становится известно больше о прошлом некоторых персонажей, таких как госпожа Урсула и семья Дианы. Визуальный стиль аниме сохраняет преемственность с предыдущими работами студии.