События разворачиваются в Японии после войны, завершившейся изгнанием Британской империи вследствие действий Лелуша Ламперужа. На обломках прежних государств была создана Объединенная Федерация Наций, установившая единый правовой порядок. Этот новый мировой строй обеспечил период относительной стабильности, однако он оказался недолговечным. Ситуация изменилась, когда Наннали ви Британия и её телохранитель Сузаку Курруги были захвачены в заложники неизвестным нападавшим.

Параллельно группа в составе Саёко Кирино, Каллен Стадфелд и Ллойда Асплунда выполняет секретное поручение Шнейзеля эль Британии в королевстве Зилкстан. Их миссия также прерывается атакой человека, демонстрирующего способности Гиаса. В ходе этих событий появляется С.С., которая сталкивается с тем же противником, называющим её бывшим главой Ордена. Героям предстоит выполнить поставленные задачи, расследовать происхождение новой угрозы и вернуться из Зилкстана, столкнувшись с непредвиденными обстоятельствами.