Прошло несколько лет после событий предыдущего сезона. Дэн Кузо и его друзья повзрослели, оставив игру в Бакуган ради повседневных обязанностей. Их привычный порядок нарушается, когда одна из карт Бакугана неожиданно активируется. Появляется Драго, который сообщает, что их родную планету, Новую Вестройю, захватили. Захватчики — люди, рассматривающие бакуганов исключительно как инструменты для достижения своих целей.

Дэн соглашается помочь и вместе с Маручо и Шуном отправляется в измерение, где обитает Драго. Герои присоединяются к Сопротивлению, целью которого является освобождение бакуганов от порабощения. На пути к этой цели их ожидают многочисленные столкновения с противником, чьи силы значительно превосходят их собственные. Успех миссии зависит от координации действий и применения накопленного боевого опыта.