На военном корабле «Эгида», принадлежащем японским силам самообороны, происходит инцидент. Обнаружено тело с отсутствующей левой рукой. Это событие указывает на возможное проникновение на борт опасного агента, известного под кодовым именем «Икс». Его присутствие создает угрозу для экипажа и национальной безопасности. При этом сам агент не предполагает, что его планы могут быть сорваны.

Для расследования дела привлекают детектива Конана. Он приступает к анализу обстоятельств, чтобы установить личность преступника и предотвратить дальнейшие инциденты. В процессе расследования Конан сталкивается с комплексными загадками и скрытыми мотивами. Его действия направлены на восстановление порядка и раскрытие информации, способной повлиять на ситуацию в стране.